Sviluppo di saggi molecolari per la rilevazione di virus emergenti trasmessi dalle zecche

La famiglia Flaviviridae comprende virus a RNA a singolo filamento positivo suddivisi in quattro generi: Orthoflavivirus (ex Flavivirus), Hepacivirus, Pegivirus e Pestivirus. Il genere Orthoflavivirus include arbovirus trasmessi da artropodi ematofagi come zecche o zanzare. Il genoma, lineare e non segmentato, codifica tre proteine strutturali (C, prM ed E) e sette non strutturali (NS1-NS5), tra cui le proteine altamente conservate NS2B/NS3 e NS5, coinvolte nel processo replicativo. I Jingmenvirus, catalogati nel 2015 come Flaviviridae non classificati e filogeneticamente affini agli Orthoflavivirus, presentano un genoma segmentato; due segmenti codificano proteine omologhe a quelle dei flavivirus (NS2B/NS3 e NS5) e i restanti due codificano proteine specifiche che non hanno omologia con proteine note. Due virus emergenti di questo gruppo, Jingmen tick virus (JMTV) e Alongshan virus (ALSV), sono stati identificati in artropodi e mammiferi, inclusi gli esseri umani, e mostrano un’ampia distribuzione geografica. In questo lavoro di tesi è stato validato un metodo di rilevazione per JMTV e ALSV mediante multiplex Real-time RT-PCR con sonde TaqMan, utile sia per lo screening delle zecche sia in ambito diagnostico. Parallelamente, è stato ottimizzato un metodo pan-flavivirus basato su Real-Time RT-PCR con SYBR Green, finalizzato allo screening di flavivirus noti o nuovi circolanti nelle zecche del nostro territorio.