Il DNA barcoding è una tecnica molecolare utilizzata per identificare velocemente le entità biologiche attraverso l’utilizzo di brevi sequenze di DNA definite barcodes. Queste sequenze devono presentare specifiche caratteristiche tra cui essere facilmente amplificabili e sequenziabili con primer universali per un ampio range di taxa e avere un’elevata capacità di discriminare specie diverse. Questa tesi fa parte di un progetto di DNA barcoding sulle Cycadales presenti negli orti botanici di Padova e Palermo e, nello specifico, si focalizza sugli esemplari appartenenti al genere Cycas. Sono stati selezionati cinque barcodes plastidiali: matK, rbcL, ycf1, trnL-trnF e psbM-trnD. Per una prima analisi sono stati amplificati e sequenziati da tutti gli individui di cicadi dell’Orto Botanico di Padova. Successivamente, per l’analisi focalizzata sulle collezioni di Cycas è stato escluso solamente trnL-trnF per via del suo scarso potere risolutivo e per le difficoltà riscontrate in fase di sequenziamento. Le analisi ottenute dalla concatenazione dei quattro barcodes selezionati hanno evidenziato una suddivisione in sezioni del genere Cycas in accordo con le recenti filogenesi pubblicate in letteratura. Tuttavia, essa ha messo in evidenza il fatto che molti individui appartenenti al genere non sono stati correttamente classificati in quanto non rientrano nelle sezioni in cui cadono nelle nostre analisi. Saranno quindi necessarie nuove osservazioni morfologiche per definire con chiarezza le specie di appartenenza di questi individui.

DNA barcoding delle collezioni di Cycas degli Orti Botanici di Padova e Palermo

PALMIERI, ELENA
2021/2022

Abstract

Il DNA barcoding è una tecnica molecolare utilizzata per identificare velocemente le entità biologiche attraverso l’utilizzo di brevi sequenze di DNA definite barcodes. Queste sequenze devono presentare specifiche caratteristiche tra cui essere facilmente amplificabili e sequenziabili con primer universali per un ampio range di taxa e avere un’elevata capacità di discriminare specie diverse. Questa tesi fa parte di un progetto di DNA barcoding sulle Cycadales presenti negli orti botanici di Padova e Palermo e, nello specifico, si focalizza sugli esemplari appartenenti al genere Cycas. Sono stati selezionati cinque barcodes plastidiali: matK, rbcL, ycf1, trnL-trnF e psbM-trnD. Per una prima analisi sono stati amplificati e sequenziati da tutti gli individui di cicadi dell’Orto Botanico di Padova. Successivamente, per l’analisi focalizzata sulle collezioni di Cycas è stato escluso solamente trnL-trnF per via del suo scarso potere risolutivo e per le difficoltà riscontrate in fase di sequenziamento. Le analisi ottenute dalla concatenazione dei quattro barcodes selezionati hanno evidenziato una suddivisione in sezioni del genere Cycas in accordo con le recenti filogenesi pubblicate in letteratura. Tuttavia, essa ha messo in evidenza il fatto che molti individui appartenenti al genere non sono stati correttamente classificati in quanto non rientrano nelle sezioni in cui cadono nelle nostre analisi. Saranno quindi necessarie nuove osservazioni morfologiche per definire con chiarezza le specie di appartenenza di questi individui.
2021
DNA barcoding of Cycas collections from the Botanical Garderns of Padova and Palermo
DNA barcoding
Cycadales
Cycas
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