Si è analizzato il problema della classificazione delle sequenze proteine mediante SVM, utilizzando gli string kernel.Sono stati sviluppati l’Approximate Mismatch Kernel e il kernel combinatorio con ordine. Si è implementato un algoritmo che permette il loro calcolo in tempo lineare ammortizzato. La complessità temporale è indipendente dai parametri dei kernel. Si sono studiate le prestazioni della classificazione al variare dei parametri di lunghezza tuple e numero di mismatch ammessi

Mismatch kernel con componenti pesate per la classificazione di proteine

Barilaro, Daniele
2013/2014

Abstract

Si è analizzato il problema della classificazione delle sequenze proteine mediante SVM, utilizzando gli string kernel.Sono stati sviluppati l’Approximate Mismatch Kernel e il kernel combinatorio con ordine. Si è implementato un algoritmo che permette il loro calcolo in tempo lineare ammortizzato. La complessità temporale è indipendente dai parametri dei kernel. Si sono studiate le prestazioni della classificazione al variare dei parametri di lunghezza tuple e numero di mismatch ammessi
2013-10-15
Mismatch kernel, ombinatorio, SCOP, GIST SVM
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/20.500.12608/17481