Il metagenomic binnig indica il raggruppamento delle read metagenomiche di specie differenti in cluster prima della ricostruzione del genoma originale. In questa tesi è stato modificato un software per realizzare tale raggruppamento studiando i k-mer condivisi tra le read. In particolare, si utilizzeranno come strumenti di ricerca su stringhe il suffix array, il longest common prefixes, l'FM-index e la Burrows Wheeler transform per ridurre il consumo di memoria RAM.
Costruzione efficiente di overlap graph mediante FM-index per il metagenomic binning
Rizzardi, Alberto
2018/2019
Abstract
Il metagenomic binnig indica il raggruppamento delle read metagenomiche di specie differenti in cluster prima della ricostruzione del genoma originale. In questa tesi è stato modificato un software per realizzare tale raggruppamento studiando i k-mer condivisi tra le read. In particolare, si utilizzeranno come strumenti di ricerca su stringhe il suffix array, il longest common prefixes, l'FM-index e la Burrows Wheeler transform per ridurre il consumo di memoria RAM.File in questo prodotto:
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https://hdl.handle.net/20.500.12608/27384