La tesi propone l'implementazione e analisi di metodi per la determinazione di k-mers discriminativi nella classificazione di sequenze metagenomiche. In particolare studia il funzionamento dell'algoritmo utilizzato dal classificatore Kraken e ne propone delle varianti basate sulla ‘discriminatività’ di un k-mer. Analizza i risultati statistici ottenuti con le nuove implementazioni e ne valuta l'impatto sulla qualità delle classificazioni e sulle risorse necessarie
Implementazione e analisi di metodi per la scoperta di k-mers discriminativi nella classificazione di sequenze metagenomiche
Marchiori, Davide
2016/2017
Abstract
La tesi propone l'implementazione e analisi di metodi per la determinazione di k-mers discriminativi nella classificazione di sequenze metagenomiche. In particolare studia il funzionamento dell'algoritmo utilizzato dal classificatore Kraken e ne propone delle varianti basate sulla ‘discriminatività’ di un k-mer. Analizza i risultati statistici ottenuti con le nuove implementazioni e ne valuta l'impatto sulla qualità delle classificazioni e sulle risorse necessarieFile in questo prodotto:
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https://hdl.handle.net/20.500.12608/27532