Modello di clustering per profili di variazione spaziale di dati di trascrittomica

La trascrittomica spaziale è una tecnologia che permette di studiare i pattern di espressione dei geni in diverse parti di un tessuto. Il metodo SPARTACO è un modello di co-clustering sviluppato di recente che individua gruppi di geni con pattern di variazione spaziale dell'espressione simile in una partizione del tessuto. In questo lavoro si propone una versione semplificata semi-supervisionata base e una seconda versione penalizzata. Il modello permette di individuare geni spazialmente variabili solo in alcune aree del tessuto e geni con pattern di espressione altamente variabili al netto della componente spaziali. Identificare tali geni ha un ruolo decisivo per comprendere meccanismi biologici importanti come la comunicazione cellulare o l'interazione tra tumore e microambiente circostante. Si esegue un estensivo studio di simulazione per valutare le performance dei metodi proposti. L'utilità di questa metodologia è stata dimostrata in un'applicazione a un tessuto prostatico con cancro.