Il genere Arcobacter nel microbiota della vongola Ruditapes filippinarum nella laguna di Venezia: quantificazione, isolamento e caratterizzazione genomica

In the Venice Lagoon clams have been chosen as sentinel organisms to evaluate the environmental quality as subject to strong contamination. Analysis of the clam microbiota revealed the presence of strains belonging to the genus Arcobacter, in some cases indicated as pathogenic to humans. The study conducted during the course of the thesis involved the isolation of strains of Arcobacter from clams on a selective agar medium enriched with antibiotics (CAT) collected in the lagoon of Venice, in a breeding site (Chioggia, VE) and a site where collection is prohibited (Porto Marghera, VE). From some isolated strains (18) DNA was extracted, sequenced and characterized by the presence of virulence and resistance genes and for the presence of metabolic detoxification pathways. It was also developed a real-time PCR test specific for the genus Arcobacter which was then used to quantify the bacterium within the microbiota of the clam samples to evaluate the possible abundance in more polluted sites.

Nella Laguna di Venezia le vongole sono state scelte come organismi sentinella per valutare la qualità ambientale in quanto soggetta a forti contaminazioni. Dalle analisi del microbiota delle vongole è emersa la presenza di ceppi appartenenti al genere Arcobacter, in alcuni casi indicato come patogeno per l'uomo. Lo studio condotto durante lo svolgimento della tesi ha previsto l'isolamento su un terreno agar selettivo e arricchito con antibiotici (CAT) di ceppi di Arcobacter da vongole raccolte nella laguna di Venezia, in un sito di allevamento (Chioggia, VE) e un sito in cui la raccolta è vietata (Porto Marghera, VE). Da alcuni ceppi isolati (18) è stato estratto il DNA che è stato sequenziato e caratterizzato per la presenza di geni di virulenza e di resistenza e per la presenza di vie metaboliche di detossificazione. Inoltre, è stato messo a punto un saggio in PCR real-time specifico per il genere Arcobacter che è stato poi utilizzato per quantificare il batterio all'interno del microbiota dei campioni di vongola per valutarne l’eventuale abbondanza in siti più inquinati.