Caratterizzazione di ceppi di swine Influenza A virus destinati al biobancaggio: aspetti critici e possibili soluzioni.

L’influenza suina è una patologia respiratoria causata da diversi sottotipi di Influenza virus di tipo A (IAV), appartenenti alla famiglia Orthomyxoviridae. La malattia è altamente contagiosa ed è caratterizzata da tosse, starnuti, scolo nasale, febbre, letargia, difficoltà respiratoria e calo dell’appetito. A causa di una sintomatologia non specifica e della rapida scomparsa dei sintomi, la prevalenza è sottostimata. Il suino viene considerato “mixing vessel” poiché capace di ospitare influenza virus A anche di origine differente, come ad esempio aviare e umana. Nel suino quindi possono avvenire sia mutazioni puntiformi del virus (antigenic drift), dovuti alle caratteristiche intrinseche del patogeno, che eventi di ricombinazione/riassortimento (antigenic shift) nel caso in cui il soggetto affetto ospiti più virus contemporaneamente. Questo può portare alla generazione di nuovi sottotipi, che sono da monitorare sia per il loro impatto zootecnico, che per quello zoonotico. Il Laboratorio di Diagnostica Virologica dell’Istituto Zooprofilattico delle Venezie, oltre a svolgere attività che mirano alla diagnosi della patologia, è coinvolto in diversi progetti di ricerca sull’influenza suina sia nazionali che internazionali. La finalità del presente progetto di tirocinio è quella di ottimizzare l’iter per la caratterizzazione molecolare dei ceppi virali di influenza suina isolati nel suddetto laboratorio nel corso del 2023. Il metodo usato per lo screening della malattia è una real-time RT-PCR, che ricerca una sequenza di 99bp del gene M codificante la proteina di matrice dei virioni. I campioni diagnostici risultati positivi sono quindi sottoposti ad isolamento su colture cellulari specifiche. Uno degli obiettivi del progetto di tesi sarà quello di mettere a confronto il metodo attualmente in uso presso il laboratorio, con altri substrati cellulari, frutto di ricerca bibliografica. Verrà poi descritto il metodo di caratterizzazione degli isolati in uso presso il laboratorio, analizzando criticamente le problematiche riscontrate. I dati ottenuti dalla caratterizzazione degli isolati del 2023 saranno posti a confronto con altri metodi di RT-PCR real-time ed end-point pubblicati (ed eventualmente ottimizzati), per individuare possibili iter alternativi da applicare ai campioni isolati. Si procederà infine con la descrizione della modalità di conservazione del campione in biobanca e il corredo di dati che lo accompagnano. L’importanza del biobancaggio risiede nel rendere fruibile alla comunità scientifica non solo il materiale biologico, ma anche tutte le informazioni ad esso connesse, per poter effettuare analisi filogenetiche ed epidemiologiche.