Test genetico preimpianto per malattie monogeniche: validazione tecnico-analitica della metodica SNP-array Karyomapping

Il test genetico preimpianto (PGT) è definito come un test che viene eseguito per analizzare il DNA proveniente da ovociti o embrioni, principalmente allo stadio di blastocisti, per la tipizzazione HLA o per determinare anomalie genetiche. Si opera attraverso una biopsia multicellulare di trofoectoderma e, a seconda dell’indicazione clinica, si applica il test preimpianto per malattie monogeniche (PGT-M) e per aneuploidie cromosomiche (PGT-A). Il Karyomapping è una metodica di SNP-array innovativa che, servendosi di madre, padre, un reference e DNA embrionale, opera il PGT-M attraverso analisi di linkage genome-wide. In questo lavoro di tesi è stata realizzata una validazione tecnico-analitica della nuova versione del Karyomapping, Infinium KaryoMap v2 (Illumina), implementata rispetto alla versione attualmente in uso dal punto di vista di numero di SNP informativi e copertura delle regioni geniche di interesse. Il laboratorio Igenomix Italia ha analizzato 42 campioni forniti da Igenomix UK. Vengono approfonditi due casi clinici con storia familiare positiva per sindrome del cancro ereditario della mammella e/o dell'ovaio (BRCA2) e fibrosi cistica (CFTR). I risultati hanno dimostrato diagnosi concordante per tutti gli embrioni analizzati permettendo di incorporare il workflow nell’ambito del work-up preclinico in cui l’analisi di linkage viene combinata allo SNP genotyping con sonde TaqMan.