Vimentina e G-Quadruplex nelle regioni accessibili della cromatina: un'analisi genomica per nuovi target terapeutici nella progressione tumorale

La modulazione dell'accessibilità cromatinica e dell'espressione genica è cruciale nella regolazione delle vie metaboliche e di segnalazione delle cellule. L’alterazione di questi delicati meccanismi può portare a diverse patologie, fino alla progressione tumorale. Lo studio di questi processi è, quindi, una via promettente per lo sviluppo di nuove terapie mirate. Questa tesi indaga la relazione tra le regioni accessibili della cromatina (ATAC) e la localizzazione di vimentina, una proteina strutturale presente anche nel nucleo della cellula. Lo studio è stato condotto su cellule HGC-27, una linea cellulare derivata da un carcinoma gastrico umano indifferenziato, ampiamente utilizzata nella ricerca oncologica. Le HGC-27 offrono un modello sperimentale ideale per analizzare le dinamiche molecolari in contesti tumorali grazie alla loro elevata capacità proliferativa. L'obiettivo della ricerca è identificare motivi ricorrenti nelle regioni ATAC che influenzano il legame di vimentina, specialmente in presenza di particolari strutture non canoniche del DNA chiamate G-quadruplex. Studi recenti hanno dimostrato che vimentina lega preferenzialmente regioni del genoma caratterizzate da due G-quadruplex molto vicini, che interagiscono tra loro. Questa interazione sembra essere funzionale alla capacità di vimentina di promuovere la regolazione genica e forse la migrazione delle cellule tumorali. L’estensione di tale interazione verrà saggiata a livello genomico, al fine di identificare potenziali strutture vimentina-G-quadruplex coinvolte nella regolazione dell’espressione di geni potenzialmente implicati nella progressione tumorale. L'analisi si avvale di tecniche avanzate di sequenziamento ATAC-seq e strumenti bioinformatici per il trattamento dei dati, con un workflow rigoroso che include FastQC, Trim Galore, Bowtie2 e altre piattaforme per garantire l'accuratezza del preprocessing e dell'analisi. Questo studio mira ad aprire nuove prospettive nella comprensione della regolazione epigenetica della vimentina e a contribuire allo sviluppo di strategie terapeutiche innovative basate su interventi epigenetici, con potenziali implicazioni nel trattamento dei tumori.