Analisi dell'espressione dei circRNA umani e virali nei precursori neuronali infettati dal virus Zika e dal citomegalovirus umano

Congenital infections by Cytomegalovirus (CMV) and Zika virus are major causes of malformations and neurological disorders in newborns. This study investigates the impact of these infections on circRNA expression, non-coding molecules playing crucial roles in gene regulation. Using Illumina and Nanopore sequencing, circRNA expression profiles were analyzed in CMV- and Zika-infected cells at 24h, 48h, and 72h post-infection. The combined approach identified significant temporal changes in circRNA expression, highlighting their potential involvement in pathogenesis and immune response. Sequencing data were processed to identify differentially expressed circRNAs. Volcano plots and tables revealed distinct profiles between the two technological platforms, emphasizing their complementarity. Results suggest that circRNAs could serve as diagnostic and prognostic biomarkers for congenital diseases and targets for novel therapeutic strategies. The data and scripts used for the analysis are available in the GitHub repository at the following link: https://github.com/martina-glitch/circRNA_analysis.

Le infezioni congenite da Citomegalovirus (CMV) e virus Zika sono cause primarie di malformazioni e disturbi neurologici nei neonati. Questo studio esplora l'impatto di tali infezioni sull'espressione dei circRNA, molecole non codificanti con ruoli chiave nella regolazione genica. Utilizzando sequenziamento Illumina e Nanopore, sono stati analizzati i profili di espressione dei circRNA in cellule infettate da CMV e Zika a 24h, 48h e 72h post-infezione. L'approccio combinato ha permesso di identificare variazioni significative nell'espressione temporale dei circRNA, evidenziando il loro possibile coinvolgimento nella patogenesi e risposta immunitaria. I dati di sequenziamento sono stati elaborati per identificare circRNA espressi in modo differenziale. Volcano plot e tabelle hanno mostrato profili distinti tra le due piattaforme tecnologiche, sottolineandone la complementarità. I risultati suggeriscono che i circRNA potrebbero essere biomarcatori diagnostici e prognostici per le malattie congenite e target per nuove strategie terapeutiche. I dati e gli script utilizzati per l'analisi sono disponibili nel repository GitHub al seguente link: https://github.com/martina-glitch/circRNA_analysis.