Modellazione statistica di dati multiomici a singola cellula : un confronto tra modelli lineari generalizzati

Il muscolo scheletrico è un tessuto chiave per postura, movimento e metabolismo, con un ruolo cruciale nella regolazione dell'omeostasi proteica e del metabolismo energetico. La cachessia da cancro, caratterizzata da una progressiva perdita muscolare, compromette la qualità della vita e la prognosi dei pazienti oncologici. Questo studio utilizza un approccio multimodale combinando RNA-seq a singola cellula (scRNA-seq) e ATAC-seq per analizzare le dinamiche trascrizionali e l'accessibilità della cromatina nel muscolo scheletrico di pazienti di sesso maschile cachettici, precachettici e controlli. I campioni, raccolti da biopsie del muscolo retto dell'addome, sono stati processati mediante protocolli di filtraggio rigorosi per garantire dati di alta qualità. L’integrazione dei dati RNA e ATAC è stata effettuata utilizzando il metodo Weighted Nearest Neighbors (WNN), migliorando l'interpretazione dei profili cellulari. L’analisi di clustering ha identificato 25 popolazioni cellulari, successivamente ridotte a 15 gruppi principali, tra cui 4 di origine incerta. L’espressione differenziale, analizzata con modelli di regressione basati su distribuzione binomiale negativa, ha evidenziato 97 geni con un False Discovery Rate ≤ 0.05, tra cui TRIM63, coinvolto nella degradazione proteica muscolare. Questo approccio fornisce nuove prospettive sulla regolazione molecolare della cachessia e sulle interazioni tra trascrittoma e accessibilità della cromatina nelle cellule muscolari.