Analisi RNA-Seq e di microscopia del fungo Coniella granati, patogeno emergente del melograno

Coniella granati è un fungo patogeno del melograno in grado di colonizzare i tessuti legnosi provocando sintomi quali necrosi, disseccamento dei rami e deperimento progressivo della pianta. Può inoltre causare marciumi nei frutti, provocando perdite post-raccolta. Per identificare geni differenzialmente espressi (DEGs) durante il processo infettivo, è stata condotta un'analisi RNA-Seq. Nello specifico è stato confrontato il trascrittoma del fungo cresciuto su frammenti di legno di melograno con quello cresciuto su terreno Potato Dextrose Agar (PDA), a 24 e 48 ore dall'inoculo. I dati ottenuti sono stati filtrati e analizzati mediante strumenti bioinformatici come eggNOG-mapper, HTSeq e BLAST, che hanno permesso l’identificazione di 11 categorie funzionali contenenti i DEGs che vengono up- regolati o down-regolati dal fungo durante la colonizzazione del legno. Le categorie funzionali più rappresentate sono state “detossificazione e protezione dallo stress”, “trasportatori” e “metabolismo e β-ossidazione di lipidi, esteri e acidi grassi”. Particolare attenzione è stata rivolta alle categorie funzionali contenenti geni potenzialmente implicati nella patogenesi, come i Cell Wall Degrading Enzymes (CWDEs) e altri coinvolti nell’interazione con la pianta ospite. Tra i DEGs individuati, meriterebbe un approfondimento una polichetide sintasi risultata up-regolata a 48 ore post-inoculazione, appartenente a un cluster di biosintesi di metaboliti secondari e associata, in particolare, alla sintesi della melanina. Un’ulteriore analisi mediante i software bioinformatici SignalP ed EffectorP ha permesso di verificare l’eventuale presenza di un peptide segnale di secrezione e di individuare potenziali effettori apoplastici o citoplasmatici. Infine, è stata effettuata un’analisi di microscopia ottica di fusticini di melograno inoculati con C. granati per visualizzare la presenza di ife durante la colonizzazione dei tessuti legnosi e individuare potenziali strutture associate alla risposta difensiva da parte della pianta.