Messa a punto di un protocollo di qRT-PCR per l'analisi dell'espressione genica in specie vegetali non modello (Sporobolus spp.)

La qRT-PCR è una tecnica che consente di quantificare in maniera specifica i livelli di espressione di geni selezionati, grazie al disegno di primer specifici per il gene d'interesse. Tuttavia, nelle specie non modello la possibilità di ottenere primer specifici è spesso limitata dalla mancanza di genomi e trascrittomi di riferimento. Questo aspetto risulta ulteriormente complicato nelle specie vegetali, dove gli elevati livelli di poliploidia rendono più difficoltosa la progettazione di saggi molecolari accurati. In questo lavoro di tesi è stato messo a punto e testato un protocollo di qRT-PCR per l'analisi dell'espressione genica in campioni di RNA totale di Sporobolus maritimus e S. anglicus. Sono state confrontate due modalità di retrotrascrizione, mediante random primers e mediante primer oligo(dT), al fine di individuare la strategia più adatta per questo sistema sperimentale. I primer per i geni selezionati sono stati disegnati tramite Primer-BLAST e la loro specificità è stata verificata mediante PCR. Infine, è stata valutata l'efficienza di amplificazione dei primer selezionati tramite Real-Time PCR, al fine di validarne l'idoneità per successive analisi quantitative di espressione genica.