Analisi informatica di dati di RNA-seq per l' identificazione dei siti di poliadenilazione in Saccharomyces cerevisiae

Negli ultimi anni l’analisi del trascrittoma è stata rivoluzionata dalle nuove tecniche di sequenziamento del RNA (RNA-seq) su piattaforme di sequenziamento Next-Generation. Queste tecnologie innovative permettono, insieme alla determinazione del profilo di espressione, una precisa caratterizzazione del 3’ e 5’ terminale dei trascritti. Il nuovo problema che ora si pone è la trattazione della grande quantità di dati prodotta dai sequenziatori di nuova generazione. In questo contesto diventa molto utile saper utilizzare gli strumenti bioinformatici e saper sviluppare nuovi programmi di analisi. Per l’identificazione dei siti di poliadenilazione di Saccharomyces cerevisiae si è scelto quindi di analizzare dati di sequenziamento Illumina con alcuni script redatti nel linguaggio di programmazione Perl. Lo scopo è determinare le posizioni delle terminazioni dei trascritti, per concentrarsi poi su quelli che presentano possibili terminazioni alternative. Questi ultimi sembrano essere correlati funzionalmente e presentano un coinvolgimento nel processo di traduzione. Sono state inoltre ricercate sequenze segnale per la poliadenilazione nelle regioni genomiche adiacenti alle terminazioni per comprendere il loro effetto nella determinazione della posizione finale del trascritto. L’analisi è stata effettuata su dati ottenuti con tre diversi metodi di costruzione di librerie per RNA-seq, tra cui quello che utilizza i primer oligo(dT) si è dimostrato il più sensibile.