Analisi in silico della proteina CDKL5

Questo elaborato di laurea descrive l'analisi in silico della proteina Cyclin-Dependent Kinase-Like 5 (CDKL5). CDKL5 è coinvolta in processi di sviluppo neuronale, infatti mutazioni che alterano la funzione di questa proteina portano come risultato fenotipico ad anomalie nel sistema nervoso. Dato che non esiste una struttura cristallizzata rappresentativa di questa proteina, per prima cosa è stato creato un modello tridimensionale putativo rappresentativo della stessa. Oltre alla suddivisione in subdomini e la ricerca di siti funzionali, ottenuti grazie ad un multiallienamento strutturale con altri domini chinasici meglio conosciuti, il modello è stato caratterizzato da vari punti di vista, come ad esempio la conservazione e la superficie elettrostatica. Inoltre è stato possibile effettuare mutagenesi in silico in maniera da capire come le varianti naturali per un singolo amminoacido riscontrate in natura siano differenti da un punto di vista strutturale rispetto alla proteina wild type. Per alcune di queste mutazioni è stato possibile dare una spiegazione di come queste differenze strutturali si riflettano in differenze a livello funzionale. Infine, lo studio della lunga coda C-terminale, della quale ancora poco è noto in letteratura, ne ha permesso un'iniziale caratterizzazione funzionale.