Lo scopo di questa analisi \'e8 quello di analizzare un dataset di strutture di proteine globulari a singolo dominio alla luce della teoria delle catene polimeriche, cos\'ec da dimostrare che l\'92interno di queste si comporta come un polymer melt. L\'92elaborato si divide in 4 punti principali; Raffinazione, durante la quale si escludono le proteine \'93problematiche\'94 che presentano lacune nei relativi files o il cui raggio giratore si discosta eccessivamente dall\'92andamento atteso per le proteine globulari; Analisi della distribuzione end-to-end di frammenti proteici di diversa lunghezza e confronto con la distribuzione attesa, ovvero una Maxwell-Boltzmann, come previsto dalla teoria del Polymer Melt di Flory; Analisi della bont\'e0 dei fit di tali distribuzioni mediante il calcolo del chi quadro al variare della lunghezza dei frammenti e di un parametro che varia la restrittivit\'e0 della selezione delle proteine idonee all\'92analisi; Considerazioni e riflessioni finali. Il dataset a disposizione consiste in 21153 proteine globulari a singolo dominio estratte dal Protein Data Bank, un portale che ospita oltre 150000 strutture macromolecolari biologiche. L\'92analisi numerica \'e8 ad opera di un programma in C++ realizzato a tal scopo, mentre i plot sono stati prodotti con il software Matlab.
Leggi di scala Gaussiane in strutture di proteine
Tessarolo, Matteo
2019/2020
Abstract
Lo scopo di questa analisi \'e8 quello di analizzare un dataset di strutture di proteine globulari a singolo dominio alla luce della teoria delle catene polimeriche, cos\'ec da dimostrare che l\'92interno di queste si comporta come un polymer melt. L\'92elaborato si divide in 4 punti principali; Raffinazione, durante la quale si escludono le proteine \'93problematiche\'94 che presentano lacune nei relativi files o il cui raggio giratore si discosta eccessivamente dall\'92andamento atteso per le proteine globulari; Analisi della distribuzione end-to-end di frammenti proteici di diversa lunghezza e confronto con la distribuzione attesa, ovvero una Maxwell-Boltzmann, come previsto dalla teoria del Polymer Melt di Flory; Analisi della bont\'e0 dei fit di tali distribuzioni mediante il calcolo del chi quadro al variare della lunghezza dei frammenti e di un parametro che varia la restrittivit\'e0 della selezione delle proteine idonee all\'92analisi; Considerazioni e riflessioni finali. Il dataset a disposizione consiste in 21153 proteine globulari a singolo dominio estratte dal Protein Data Bank, un portale che ospita oltre 150000 strutture macromolecolari biologiche. L\'92analisi numerica \'e8 ad opera di un programma in C++ realizzato a tal scopo, mentre i plot sono stati prodotti con il software Matlab.File | Dimensione | Formato | |
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https://hdl.handle.net/20.500.12608/22644