Solea solea e Solea aegyptiaca sono due specie di sogliola morfologicamente molto simili che condividono in parte l’areale di distribuzione nel Mar Mediterraneo. Risulta quindi difficile il loro riconoscimento e la loro conseguente identificazione. L’obbiettivo di questo studio è quindi quello di trovare dei marcatori molecolari diagnostici localizzati sugli intorni, porzioni di DNA non codificanti, che permettano di individuare in modo rapido le suddette specie senza dover ricorrere al sequenziamento dell'intero genoma. Per fare ciò sono stati analizzati 35 loci intronici, precedentemente sequenziati, in cui sono stati individuati diversi SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) diagnostici localizzati su 17 dei 35 loci presi in considerazione. Sulla base di questi SNPs sono state realizzate delle coppie di primer che amplificassero alternativamente per una o per l'altra specie, queste sono stati quindi validate e ottimizzate tramite PCR. Per 4 di queste coppie di primer sono state inoltre effettuate dell multiplex-PCR. Concludendo, il metodo messo a punto si è rivelato semplice, immediato, poco oneroso in termini di costi e di tempo, ed efficace nella identificazione e discriminazione di individui di sogliola comune ed egiziana. Oltre che per scopi forensi e commerciali, la sua possibile applicazione anche in studi di genetica e genomica di popolazioni permette una verifica della specie di appartenenza dei campioni riferimento, aspetto fondamentale per l’ottenimento di dati solidi.

Sviluppo di primer diagnostici su regioni introniche per la distinzione tra due specie di sogliola: Solea solea e Solea aegyptiaca

CORTESE, MARTINA
2021/2022

Abstract

Solea solea e Solea aegyptiaca sono due specie di sogliola morfologicamente molto simili che condividono in parte l’areale di distribuzione nel Mar Mediterraneo. Risulta quindi difficile il loro riconoscimento e la loro conseguente identificazione. L’obbiettivo di questo studio è quindi quello di trovare dei marcatori molecolari diagnostici localizzati sugli intorni, porzioni di DNA non codificanti, che permettano di individuare in modo rapido le suddette specie senza dover ricorrere al sequenziamento dell'intero genoma. Per fare ciò sono stati analizzati 35 loci intronici, precedentemente sequenziati, in cui sono stati individuati diversi SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) diagnostici localizzati su 17 dei 35 loci presi in considerazione. Sulla base di questi SNPs sono state realizzate delle coppie di primer che amplificassero alternativamente per una o per l'altra specie, queste sono stati quindi validate e ottimizzate tramite PCR. Per 4 di queste coppie di primer sono state inoltre effettuate dell multiplex-PCR. Concludendo, il metodo messo a punto si è rivelato semplice, immediato, poco oneroso in termini di costi e di tempo, ed efficace nella identificazione e discriminazione di individui di sogliola comune ed egiziana. Oltre che per scopi forensi e commerciali, la sua possibile applicazione anche in studi di genetica e genomica di popolazioni permette una verifica della specie di appartenenza dei campioni riferimento, aspetto fondamentale per l’ottenimento di dati solidi.
2021
Development of diagnostic primers on intronic regions for the distinction between two sole species: Solea solea and Solea aegyptiaca
Primer diagnostici
Introni
Solea solea
Solea aegyptiaca
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/20.500.12608/33030