Valutazione del tasso d'errore di Kraken 2 per sequenze metagenomiche di lunghezze variabili

Metagenomics is the study of microbial communities directly in their environment. In this context, a fundamental operation is the taxonomic classification of metagenomic sequences. This process requires the development of increasingly performing tools in terms of time and reliability. Kraken 2 is a software that allows the assignment of taxonomic labels to sequencing reads. However, to make the software more performing, have been adopted techniques that may produce some errors in the classification. In this thesis, we will evaluate the kraken 2 error rate for sequences of different lengths.

La metagenomica consiste nello studio di comunità microbiche direttamente nel loro ambiente. In quest’ambito, un’operazione fondamentale è la classificazione tassonomica di sequenze metagenomiche. Questo processo richiede lo sviluppo di strumenti sempre più performanti in termini di tempo e affidabilità. Kraken 2 è un software che permette l’assegnamento di etichette tassonomiche alle letture di sequenziamento. Tuttavia, per rendere il software più performante, sono state adottate delle tecniche che possono introdurre un errore nella classificazione. In questa tesi, si valuterà il tasso d’errore di kraken 2 per sequenze di lunghezze diverse.