Ottimizzazione della visualizzazione di strutture i-motif nel genoma di HSV-1 tramite immunofluorescenza.

È noto che HSV-1 presenti un genoma ricco in guanina (G) e citosina (C), inoltre, è stata osservata formazione di strutture G-quadruplex nelle regioni ricche di G. Il filamento complementare ricco in C presenta il motivo tipico delle strutture i-Motif, un'altra tipologia di struttura secondaria non canonica che gli acidi nucleici possono assumere. Attraverso tecniche di immunofluorescenza che sfruttano un anticorpo specifico per gli i-Motif, si vuole ricercare tali strutture nel genoma di HSV-1 mediante il confronto di cellule U-2 OS infettate con HSV1-GFP e cellule della stessa linea cellulare non infettate. Per la corretta visualizzazione di queste strutture è necessario mettere a punto un saggio la cui affidabilità è data dalla bontà dei controlli. Si ricercano quindi le condizioni sperimentali ideali per effettuare l’infezione e l’immunofluorescenza. Il ciclo virale è stato bloccato a diverse ore dall’infezione per visualizzare la fase migliore in cui ricercare gli i-Motif ed è stata testata l’infezione a diversi MOI per ottenere il maggior numero di cellule infettate. Per l’immunofluorescenza, sono state sperimentate diverse diluizioni di anticorpo secondario per limitare i legami aspecifici, e cono lo stesso scopo sono state testate de diverse temperature di incubazione degli anticorpi e dell’intercalante per la visualizzazione dei nuclei.