Trasferimento di entropia nella plexina monomero e dimero da simulazioni di dinamica molecolare nella scala del microsecondo

L’obiettivo di questo studio è calcolare il trasferimento di entropia tra i residui del sito RBD della Plexina B1 monomero e dimero sfruttando le simulazioni di dinamica molecolare della lunghezza del microsecondo. In primo luogo, si è considerato l’effetto della lunghezza della traiettoria sui risultati ottenuti e il raggiungimento della convergenza. In secondo luogo, si è analizzato il comportamento dei monomeri del dimero, allo scopo di evidenziare un’asimmetria “transiente” tra le due unità RBD, dovuta a variazioni conformazionali lente nell’ordine dei millisecondi, e studiarne il meccanismo. I risultati ottenuti e il confronto con altri studi hanno confermato che il calcolo del trasferimento di entropia converge utilizzando la traiettoria di un microsecondo. Il metodo utilizzato è stato in grado di rivelare un'asimmetria nel trasferimento di entropia tra atomi omologhi su monomeri diversi nel dimero e una fitta rete di scambi inter-monomero. Lo studio della correlazione tra la dinamica degli atomi è importante per l’individuazione di percorsi allosterici che svolgono un ruolo fondamentale nei sistemi biologici, per esempio nella catalisi o nella trasmissione di segnali.