Analisi del tool Meta-network per lo studio di comunità microbiche.

I microorganismi come batteri, funghi e virus vivono in comunità che caratterizzano determinati ambienti. Analizzare il microbioma usando le tecniche di New Generation Sequencing apre grandi opportunità per una migliore comprensione del ruolo metabolico, fisiologico ed ecologico che il microbiota svolge all’interno dell’ambiente che lo ospita. Allo stesso tempo il campo è ancora poco esplorato e propone costantemente nuove sfide nelle tecniche di sequenziamento e negli strumenti computazionali. I metodi basati sulle reti si ripropongono di ricostruire la rete batterica partendo dalle matrici di abbondanza ricavate dal sequenziamento del microbioma. I metodi di co-occorrenza sono vari: vanno da quelli basati sulla correlazione a quelle basati su modelli grafici compessi . Nella panoramica dei tool proposti per tale scopo emerge Meta-network, che descrive le interazioni batteriche attraverso una rete di co-occorrenza in grado di identificare non solo le relazioni dirette, ma anche quelle indirette e non lineari.