Analisi longitudinale di dati di RNA-seq a singola cellula per lo studio della chemioresistenza nel cancro ovarico metastatico

Ai pazienti con carcinoma ovarico sieroso di alto grado (HGSOC) viene solitamente prescritta una chemioterapia a base di platino. Tuttavia, la maggior parte dei pazienti sviluppa resistenza al platino e quindi si ritrova ad avere un tumore refrattario fatale. L’obiettivo dell’articolo di Kaiyang Zhang et al. presentato e discusso in questo elaborato, è definire uno stato cellulare resistente alla chemioterapia nel HGSOC, grazie al quale possono essere identificati biomarcatori, utilizzabili per effettuare previsioni sulla chemioresistenza, e possibili bersagli per superare la chemioresistenza. Gli autori hanno raccolto campioni di tessuto prima e dopo la chemioterapia da 11 pazienti con HGSOC e hanno misurato i loro profili trascrittomici mediante scRNA-seq. Per permettere il confronto tra campioni geneticamente diversi, hanno rimosso i segnali paziente-specifici e il rumore tecnico mediante un nuovo approccio per il raggruppamento di cellule, PRIMUS. È emerso che durante la chemioterapia si verifica un significativo aumento dello stato cellulare associato allo stress, che è associato a una scarsa sopravvivenza libera da progressione. Inoltre, si è visto che la presenza di cellule tumorali associate allo stress è correlata alla presenza di fibroblasti infiammatori associati al cancro. Quindi, la chemioterapia è associata alla risposta allo stress sia in cellule tumorali che stromali.