Applicazione del sequenziamento Oxford Nanopore per lo studio della biodiversità marina

Il sequenziamento Oxford Nanopore ha permesso negli ultimi anni di migliorare le analisi metagenomiche, rendendo possibile l’identificazione di informazioni genetiche rilevanti dove le short reads avevano precedentemente fallito. In questo studio sono stati eseguiti sequenziamenti tramite Oxford Nanopore e Sanger. Nella prima parte è stato considerato un batterio potenziale patogeno di bivalvi (mitilo), cercando tramite 16S amplicon-sequencing di ottenere la sua classificazione tassonomica. Successivamente, il sequenziamento Oxford Nanopore è stato applicato a DNA ottenuto da un campione arricchito in virus ottenuto da sedimenti marini profondi. I risultati ottenuti tramite questi due studi hanno portato alla classificazione del batterio mediante sequenziamento Sanger, in particolare della regione 16S dell’rRNA, e all’identificazione di nuove specie virali caratterizzanti sedimenti marini, rendendo disponibili nuovi elementi per il successivo studio dell’ambiente marino e della sua biodiversità.