Validazione di un metodo di Real Time PCR per la caratterizzazione quantitativa di popolazioni microbiche in una comunità sintrofica

Una comunità sintrofica è un tipo di comunità biologica in cui due o più organismi diversi si associano in modo mutualistico per trarre beneficio reciproco; la sinergia tra questi organismi si basa sullo scambio di sostanze nutritive o prodotti metabolici. La comunità presa in esame comprende batteri sintrofici ossidanti l’acetato (SAOB) e metanogeni idrogenotrofi, responsabili della produzione di metano da anidride carbonica e idrogeno. Poiché ii metodi di metagenomica standard utilizzati per lo studio di comunità hanno dei limiti, si è cercato di validare un metodo innovativo di analisi per la stima delle quantità delle singole specie. Si è deciso di utilizzare la Real Time PCR, una tecnica utilizzata in biologia molecolare per la determinazione del DNA presente in un campione. Il metodo introduce l’utilizzo dell’efficienza della reazione di amplificazione come fattore correttivo per la quantificazione del numero di copie di DNA, calcolate attraverso le rette di taratura. Tre tipi di batteri differenti, di cui è disponibile il DNA genomico purificato, sono stati scelti come modelli per la costruzione delle diverse rette; per ogni campione è stato poi confrontato il numero di copie calcolato utilizzando il fattore di correzione con il numero di copie calcolato con il metodo classico.