“Polygenic risk score” computation for Inflammatory Bowel Disease using an Illumina “custom array”

Over the past 15 years Genome-Wide Association Studies (GWAS) have produced a huge amount of data on genetic loci associated with quantitative traits, including food intolerance and other digestive disorders. Usually, the variants identified by GWAS are not directly responsible for the phenotype, but they happen to be near the causative allele, at least in some of the haplotypes present in the population. Therefore, the contribution of a variant can be weak, depending on its actual association with the causative allele. Furthermore, quantitative traits are typically resulting from the contribution of several genes, each with a small impact to the final phenotype. The aim of this project is to analyze public GWAS and other genetic data to extract useful information about variants involved in food intolerance and digestive disorders with a particular focus on Crohn's disease. In particular, the study will make use of a set of about 2100 variants included on an Illumina custom array designed by BMR Genomics. Algorithms for the calculation of polygenic risk scores will be defined for the variants associated with Crohn's disease and will be tested on a genotyped population.

Negli ultimi 15 anni i Genome-Wide Association Studies (GWAS) hanno prodotto un'enorme quantità di dati sui loci genetici associati a tratti quantitativi, tra cui l'intolleranza alimentare e altri disturbi digestivi. Di solito, le varianti identificate dai GWAS non sono direttamente responsabili del fenotipo, ma si trovano vicino all'allele causale, almeno in alcuni degli aplotipi presenti nella popolazione. Pertanto, il contributo di una variante può essere debole, a seconda della sua effettiva associazione con l'allele causale. Inoltre, i tratti quantitativi sono tipicamente il risultato del contributo di diversi geni, ciascuno con un piccolo impatto sul fenotipo finale. L'obiettivo di questo progetto è analizzare GWAS pubblici e altri dati genetici per estrarre informazioni utili sulle varianti coinvolte in intolleranze alimentari e patologie del tratto gastrointestinale, con particolare attenzione al morbo di Crohn. In particolare, lo studio si avvarrà di un set di circa 2100 varianti incluse in un custom array Illumina disegnato da BMR Genomics. Gli algoritmi per il calcolo del polygenic risk score saranno definiti per le varianti associate al morbo Crohn e saranno testati su una popolazione genotipizzata.