Definizione di un protocollo per l'estrazione di DNA genomico ed RNA totale da tessuti vegetali di Spartina

Spartina è un genere di piante alofile abbondanti nelle paludi costiere del Mar Mediterraneo e dell’Oceano Atlantico. Spesso fungono da ingegneri ecosistemici negli ambienti che colonizzano, modificandoli fisicamente e contribuendo alla catena trofica. Data la loro rilevanza, è importante avere un protocollo per estrarne acidi nucleici per studi sia di genomica che di trascrittomica. In questa tesi ci si è posti l’obiettivo di definire un protocollo ottimale per estrarre DNA genomico ed RNA totale da foglie di Spartina sp. in termini di quantità, purezza e qualità dell’acido nucleico. Sono state dunque valutate procedure di estrazione sia tradizionali (CTAB per DNA e Trizol per RNA) che con kit commerciali. Inoltre, essendo i campioni raccolti sul campo, ci si è posti il problema della conservazione di questi sul lungo periodo, in modo da poter estrarre gli acidi nucleici in un secondo momento senza incorrere nella degradazione da parte di nucleasi. Combinando i diversi processi di omogeneizzazione ed estrazione, si è giunti alla conclusione che per il DNA è ottimale una omogeneizzazione con biglie e azoto liquido seguita da una estrazione con DNeasy® Plant Pro Kit Qiagen; mentre per l’RNA si è deciso di optare per una omogeneizzazione ed estrazione in Trizol.