Utilizzo del grafo di De Bruijn per la memorizzazione efficiente di k-mer sets

The aim of this paper is to demonstrate how the use of the De Bruijn graph leads to greater efficiency in storing k-mer sets, which are sets of fixed-length DNA strings. In particular, we will assess the effectiveness of this technique by comparing it to the use of tools based on overlap graphs.

L’obiettivo di questo elaborato è quello di dimostrare come, grazie all’utilizzo del grafo di De Bruijn, si ottiene una maggiore efficienza nella memorizzazione di k-mer sets, ovvero un insieme di stringhe di DNA di lunghezza fissa k. In particolare si verificherà l’efficienza di questa tecnica confrontandola con l’utilizzo di tool che si basano sui grafi di overlap.