Federated Data Analytics for Genomics Data

Biomedical data management is increasingly complex due to the variety of storage systems and evolving data models. This heterogeneity presents obstacles to data integration and querying, crucial for advancing biomedical research and healthcare. The project will involve designing a system architecture that supports the integration of heterogeneous data stores under a unified federated system. The system will also utilize principles from the Ontology-Based Data Access (OBDA) paradigm to facilitate semantic querying capabilities. By developing a federated data analytics system for genomics data, this thesis will contribute to reducing the complexities involved in biomedical data management. The system will enable more effective data integration and querying processes, thereby supporting faster and more accurate genomics research. The completion of this project will result in a prototype of a federated data analytics system capable of handling the specific needs of genomics data.

La gestione dei dati biomedici è sempre più complessa a causa della varietà dei sistemi di archiviazione e dei modelli di dati in evoluzione. Questa eterogeneità presenta ostacoli all'integrazione e alla consultazione dei dati, cruciali per il progresso della ricerca biomedica e dell'assistenza sanitaria. Il progetto comporterà la progettazione di un'architettura di sistema che supporti l'integrazione di archivi di dati eterogenei sotto un sistema federato unificato. Il sistema utilizzerà anche i principi del paradigma dell'Accesso ai Dati Basato su Ontologie (OBDA) per facilitare le capacità di consultazione semantica. Sviluppando un sistema federato di analisi dei dati per i dati genomici, questa tesi contribuirà a ridurre le complessità coinvolte nella gestione dei dati biomedici. Il sistema permetterà processi di integrazione e consultazione dei dati più efficaci, supportando così una ricerca genomica più rapida e accurata. Il completamento di questo progetto porterà alla realizzazione di un prototipo di un sistema federato di analisi dei dati capace di gestire le esigenze specifiche dei dati genomici.