Caratterizzazione del microbioma oculare tramite sequenziamento 16S

L’obiettivo della tesi è quello di investigare la composizione del microbioma oculare in individui affetti da cheratocongiuntivite primaverile, per confrontarlo poi con quello di soggetti sani al fine di comprendere se una condizione di disbiosi può correlare con l’insorgenza della patologia. Questa malattia insorge a causa di una eccessiva risposta da parte del sistema immunitario verso antigeni di norma non pericolosi, che porta ad infiammazioni in diversi siti della congiuntiva e della cornea con manifestazioni nei bambini e, in parte minore, negli adulti. È la cura associata alla Vernal ad essere particolarmente complessa tant’è che lo spettro di farmaci impiegato è ampio e in continua espansione; l’interesse è volto, ad esempio, verso Dupilumab, un farmaco costituito da un anticorpo monoclonale. La presenza di una comunità batterica e fungina nell'occhio sano e le sue modificazioni in associazione a varie patologie oculari è stata oggetto di varie ricerche. Tuttavia, in seguito alla scarsità di materiale genetico reperibile, non è stata possibile una caratterizzazione su vasta scala. La base per condurre lo studio è l’estrazione del DNA da 20 campioni di cui 12 provenienti da soggetti malati e 6 pazienti sani seguita dalla quantificazione e amplificazione per terminare con la preparazione di librerie Illumina. In totale solo 9 campioni hanno prodotto dati di sequenziamento, per un totale di 224425 reads, che hanno permesso l’identificazione di 235 Unità Operative Tassonomiche (OTU), che sono state utilizzate per una prima caratterizzazione preliminare del microbiota oculare di questi soggetti.