Analisi multi-specie di arricchimento di microRNA utilizzando sistemi di gestione automatizzata dei flussi di lavoro

L'analisi dell'arricchimento dei geni è ormai una delle applicazioni più utilizzate nella ricerca di biologia molecolare. Tuttavia, gli stessi principi statistici sono applicabili a tutti i tipi di omica. Con l'aumento della quantità di dati relativi alla quantificazione dell’espressione dei microRNA (miRNA), c'è anche un aumento della necessità di strumenti per la loro analisi per facilitarne l’annotazione e interpretazione attraverso le mappe della biologia dei sistemi. Lo studio analizzato in questo elaborato, mira a presentare un nuovo strumento di analisi chiamato miEAA, approfondendone le sue caratteristiche di annotazione e analisi dei miRNA. miEAA è sia un pacchetto Python sia un'applicazione web che offre una varietà di test statistici combinati con la possibilità di eseguire le analisi su dati provenienti da dieci diversi organismi. Nell’articolo gli autori presentano diversi casi studio su tumore al rene e al seno e sulla malattia di Parkinson. miEAA si basa su GeneTrail, uno strumento di analisi dell'arricchimento per insiemi genici, che consente l'analisi integrata di dataset trascrittomici, miRNomici, genomici e proteomici. Offre inoltre un gran numero di insiemi di riferimento predefiniti e una raccolta completa di categorie biologiche e consente confronti diretti tra i risultati calcolati.