Sviluppo di una libreria per la rappresentazione di sequenze genomiche in immagini.

Questa tesi sviluppa una libreria per la rappresentazione visiva di sequenze genomiche tramite immagini, utilizzando le tecniche Chaos Game Representation (CGR) e Frequency Chaos Game Representation (FCGR). Dopo aver introdotto CGR e FCGR, vengono descritti tre metodi per calcolare la Frequency Chaos Game Representation: tramite discretizzazione della CGR, tramite mappatura diretta delle coordinate CGR e tramite l’utilizzo di un k-mer counter. L’implementazione, fatta in Python, è basata sul calcolo diretto e permette di generare rapidamente immagini FCGR da sequenze genomiche in formato FASTA. I risultati dello sviluppo sono stati confrontati con ComplexCGR, uno strumento che utilizza il metodo basato su k-mer counter. Test eseguiti su dataset di coronavirus e cromosomi umani mostrano che la nostra libreria offre un vantaggio in termini di velocità ed efficienza in diverse casistiche.