Grafi a Cactus per l'Allineamento Multiplo di Sequenze

La crescente necessità di allineare sequenze genomiche ha portato allo sviluppo di strumenti che fossero i più efficienti possibile, riducendo sempre di più i limiti in termini di tempo di elaborazione ed efficacia. Una delle possibili soluzioni proposte in letteratura si basa su grafi a cactus e programmi a essi correlati che permettono un’analisi delle strutture gerarchiche e delle relative sotto-strutture interne ai grafi, favorendo il corretto allineamento di sequenze. In questa tesi sono stati studiati due tool che sfruttano i grafi cactus: Cactus e Progressive Cactus, mettendo in evidenza aspetti comuni e differenze rispetto il tipo di approccio, la scalabilità, la flessibilità e la qualità dell’allineamento.