Neuroendocrine tumors of the small intestine, referred to by the acronym siNET, are rare intestinal tumors that affect enteroendocrine cells, normally deputed to regulate digestion. Although they were uncommon, improved diagnosis has shown an increase in their incidence. Until now, all siNETs were considered as a single entity and were treated clinically as such. This paper highlights how in reality four different molecular groups of siNETs can be distinguished, and highlights the important clinical implications associated with this finding. To arrive at these results, a multi-omics analysis of siNETs was performed; through transcriptomic, genetic and DNA methylation analyses were distinguished: - two groups related to distinct enteroendocrine differentiation patterns, - a group with a strong immune phenotype, - a final group with mesenchymal properties, which is associated with the worst prognosis and treatment resistance. The purpose of this analysis is to provide insights into the origin and diversity of these rare diseases so that clinical research on these diseases can be improved and differentiated clinical approaches can be prepared based on the different subtypes of siNET.

I tumori neuroendocrini del piccolo intestino, indicati con la sigla siNET, sono rari tumori intestinali che colpiscono le cellule enteroendocrine, normalmente deputate alla regolazione della digestione. Sebbene fossero poco frequenti, il miglioramento della diagnosi ha evidenziato un aumento della loro incidenza. Fino ad oggi, tutti i siNET venivano considerati come un'unica singola entità e venivano trattati clinicamente come tali. Questo elaborato mette in risalto come in realtà sia possibile distinguere quattro diversi gruppi molecolari di siNET, ed evidenzia le importanti implicazioni cliniche associate a questa scoperta. Per arrivare a questi risultati è stata eseguita un'analisi multi-omica dei siNET; grazie ad analisi trascrittomiche, genetiche e di metilazione del DNA sono stati distinti: - due gruppi legati a distinti modelli di differenziazione enteroendocrina, - un gruppo con un forte fenotipo immunitario, - un ultimo gruppo con proprietà mesenchimali, il quale è associato alla peggiore prognosi e ad una resistenza ai trattamenti. Lo scopo di questa analisi è fornire approfondimenti sull'origine e sulla diversità di queste malattie rare, affinché sia possibile migliorare la ricerca clinica su tali patologie e sia possibile predisporre approcci clinici differenziati in base ai diversi sottotipi di siNET.

Un profilo molecolare completo rivela la diversità genetica e i distinti sottotipi molecolari dei tumori neuroendocrini del piccolo intestino

LEGNARO, GIULIA
2024/2025

Abstract

Neuroendocrine tumors of the small intestine, referred to by the acronym siNET, are rare intestinal tumors that affect enteroendocrine cells, normally deputed to regulate digestion. Although they were uncommon, improved diagnosis has shown an increase in their incidence. Until now, all siNETs were considered as a single entity and were treated clinically as such. This paper highlights how in reality four different molecular groups of siNETs can be distinguished, and highlights the important clinical implications associated with this finding. To arrive at these results, a multi-omics analysis of siNETs was performed; through transcriptomic, genetic and DNA methylation analyses were distinguished: - two groups related to distinct enteroendocrine differentiation patterns, - a group with a strong immune phenotype, - a final group with mesenchymal properties, which is associated with the worst prognosis and treatment resistance. The purpose of this analysis is to provide insights into the origin and diversity of these rare diseases so that clinical research on these diseases can be improved and differentiated clinical approaches can be prepared based on the different subtypes of siNET.
2024
Comprehensive molecular portrait reveals genetic diversity and distinct molecular subtypes of small intestinal neuroendocrine tumors
I tumori neuroendocrini del piccolo intestino, indicati con la sigla siNET, sono rari tumori intestinali che colpiscono le cellule enteroendocrine, normalmente deputate alla regolazione della digestione. Sebbene fossero poco frequenti, il miglioramento della diagnosi ha evidenziato un aumento della loro incidenza. Fino ad oggi, tutti i siNET venivano considerati come un'unica singola entità e venivano trattati clinicamente come tali. Questo elaborato mette in risalto come in realtà sia possibile distinguere quattro diversi gruppi molecolari di siNET, ed evidenzia le importanti implicazioni cliniche associate a questa scoperta. Per arrivare a questi risultati è stata eseguita un'analisi multi-omica dei siNET; grazie ad analisi trascrittomiche, genetiche e di metilazione del DNA sono stati distinti: - due gruppi legati a distinti modelli di differenziazione enteroendocrina, - un gruppo con un forte fenotipo immunitario, - un ultimo gruppo con proprietà mesenchimali, il quale è associato alla peggiore prognosi e ad una resistenza ai trattamenti. Lo scopo di questa analisi è fornire approfondimenti sull'origine e sulla diversità di queste malattie rare, affinché sia possibile migliorare la ricerca clinica su tali patologie e sia possibile predisporre approcci clinici differenziati in base ai diversi sottotipi di siNET.
enteroendocrine cell
siNETs
Multi-Omics analysis
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