La Laguna di Venezia è un ecosistema caratterizzato da una notevola biodiversità, ma è anche estremamente vulnerabile all’impatto antropico e alle alterazioni climatiche, che possono favorire l’invasione di specie non-autoctone. Per questo il monitoraggio delle specie vegetali è fondamentale. L’identificazione con metodi tradizionali di queste specie è spesso ambigua e inaffidabile. Per questo motivo, sempre più spesso, viene applicata la tecnica del DNA barcoding che permette un’identificazione rapida e specifica delle specie. Nonostante i vantaggi, una significativa limitazione è la mancanza di sequenze di DNA nei database pubblici, in particolare per le macroalghe, che può rendere incerta l’identificazione tramite BLAST. Per superare la carenza di informazioni dei database e definire le specie in modo più accurato si è deciso di procedere con un approccio integrato che prevede l’utilizzo di BLAST e del modello Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC). Ciò ha permesso di definire con maggiore precisione le specie trovate e di risolvere alcune ambiguità, ma ha anche evidenziato la grave carenza di dati genetici per alcuni generi. In futuro sarà fondamentale l’arricchimento continuo dei database, l’uso di marcatori multipli e l’applicazione di tecniche avanzate.

Identificazione molecolare delle specie vegetali della Laguna di Venezia tramite DNA barcoding

CECCHINI, IRENE
2024/2025

Abstract

La Laguna di Venezia è un ecosistema caratterizzato da una notevola biodiversità, ma è anche estremamente vulnerabile all’impatto antropico e alle alterazioni climatiche, che possono favorire l’invasione di specie non-autoctone. Per questo il monitoraggio delle specie vegetali è fondamentale. L’identificazione con metodi tradizionali di queste specie è spesso ambigua e inaffidabile. Per questo motivo, sempre più spesso, viene applicata la tecnica del DNA barcoding che permette un’identificazione rapida e specifica delle specie. Nonostante i vantaggi, una significativa limitazione è la mancanza di sequenze di DNA nei database pubblici, in particolare per le macroalghe, che può rendere incerta l’identificazione tramite BLAST. Per superare la carenza di informazioni dei database e definire le specie in modo più accurato si è deciso di procedere con un approccio integrato che prevede l’utilizzo di BLAST e del modello Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC). Ciò ha permesso di definire con maggiore precisione le specie trovate e di risolvere alcune ambiguità, ma ha anche evidenziato la grave carenza di dati genetici per alcuni generi. In futuro sarà fondamentale l’arricchimento continuo dei database, l’uso di marcatori multipli e l’applicazione di tecniche avanzate.
2024
Molecular Identification of Plant Species in the Venice Lagoon via DNA Barcoding
DNA barcoding
Marker molecolari
Database
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/20.500.12608/92070