Functional Analysis of a Small Non-Coding RNA in Helicobacter pylori: Insights into Its Transcriptional Regulation and Global Impact on Gene Expression

Helicobacter pylori è un batterio Gram-negativo che colonizza la mucosa gastrica ed è associato a varie patologie, incluso il carcinoma gastrico. Il genoma di H. pylori codifica per 17 regolatori trascrizionali proteici, tra cui HP1043, un regolatore essenziale coinvolto nel controllo di numerosi processi cellulari, oltre a un’ampia varietà di RNA non codificanti (sRNA). Tuttavia, molti di questi sRNA rimangono ancora poco caratterizzati. In questo lavoro è stato studiato un sRNA non codificante, denominato s1043-2, identificato come possibile target di regolazione di HP1043. L’obiettivo principale della tesi è stato quello di indagare i meccanismi di regolazione dello sRNA s1043-2 e, parallelamente, le sue potenziali funzioni regolative. A tal fine, è stato sviluppato un sistema reporter basato sul gene luxC, sotto il controllo del promotore Ps1043-2, per monitorarne l’attività trascrizionale in condizioni wild-type e mutate per il sito di legame di HP1043. L’effetto delle mutazioni sulla trascrizione è stato valutato mediante saggi di qRT-PCR. In questa tesi è stato inoltre analizzato l’impatto dell’sRNA s1043-2 sul trascrittoma di H. pylori mediante RNA-sequencing. I risultati indicano che s1043-2 esercita un effetto trascrizionale limitato, influenzando solo un numero ristretto di geni, i quali mostrano variazioni modeste nei livelli di trascritti nel ceppo mutante per s1043-2. Contemporaneamente, partendo dal mutante HPG27-Δs1043-2, è stato generato un ceppo complementante, ottenuto reinserendo il gene s1043-2 in un locus genomico eterologo. Questo approccio ha permesso di approfondire, attraverso qRT-PCR, l’analisi di un pannello di geni deregolati nel mutante, fornendo indizi sulle funzioni regolative di s1043-2.