Identificazione di ligandi per il dominio a tripla elica di MALAT1 come potenziali candidati nel trattamento del melanoma

MALAT1 (Metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1) è un long non-coding RNA (lncRNA) le cui funzioni riguardano soprattutto la regolazione dell’espressione genica, mediata dall’interazione con la cromatina, e lo sponging di microRNA, il cui sequestro determina un’alterazione dei relativi pathways. La sovraespressione di MALAT1 in alcune linee cellulari tumorali, come quelle di melanoma, è già stata documentata in letteratura, così come il suo ruolo di promotore della metastasi tumorale, rendendolo quindi un potenziale target terapeutico per provare a rallentare la progressione metastatica di questa forma tumorale. Un dominio molto sfruttato per il targeting di questo lncRNA è la a tripla elica (triplex) presente all’estremità 3’ del trascritto. È stato infatti dimostrato che questa particolare struttura è un fattore chiave nella stabilizzazione di MALAT1 e nella regolazione della sua emivita in ambiente cellulare, e che, interferendo con il suo folding, è possibile promuovere la degradazione ad opera di RNasi del trascritto oncogenico. In questo progetto di tesi è stato messo a punto un protocollo di screening efficiente che consente di identificare molecole in grado di interagire selettivamente con il triplex di MALAT1 con l’intento di destabilizzarlo per favorirne la degradazione. Quest’obiettivo è stato perseguito tramite lo screening di potenziali ligandi provenienti da due librerie di composti: una, focalizzata per il targeting di acidi nucleici, fornita dal gruppo della prof.ssa O. tabarrini e S. Massari dell’Università di Perugia; mentre l’altra, derivante da approcci computazionali fornita dal gruppo della prof.ssa R. Rocca dell’Università di Catanzaro. La possibile interazione di ciascuna molecola con il triplex è stata caratterizzata tramite vari saggi in vitro, con i quali si è testata anche l’eventuale interazione con altre strutture ed off-targets. Per le molecole che hanno restituito i risultati più significativi è stata successivamente valutata la citotossicità in una linea cellulare di melanoma. Per uno dei ligandi più promettenti all’interno di queste librerie, è stato possibile analizzare anche degli analoghi strutturali così da improntare una relazione Struttura-Attività. Questi dati rappresentano un punto di partenza per una futura ottimizzazione delle strutture dei composti che hanno restituito i risultati più significativi, al fine di migliorarne le caratteristiche chimico-fisiche e la selettività verso il triplex di MALAT1.