Epitrascrittomica dell'rRNA e rilevazione specifica del cancro

Gli RNA ribosomiali (rRNA) dei mammiferi sono gli RNA più abbondanti nella cellula (80-90%) e presentano oltre 220 modificazioni. Studi recenti hanno dimostrato come parte di queste modifiche sono regolate in maniera dinamica e permettono quindi una risposta traduzionale adattativa alle variazioni ambientali. Tuttavia, come e quando queste avvengano resta un campo tuttora inesplorato. Nell’articolo discusso è stato usato il sequenziamento diretto dell’RNA (direct RNA sequencing=DRS) per analizzare i trascrittomi degli rRNA umani e murini in diversi tessuti, stadi di sviluppo, tipi cellulari e patologie. L’analisi svolta rivela diversi siti degli rRNA che sono modificati in uno specifico tessuto e/o stadio di sviluppo, compresi siti non ancora annotati. Viene dimostrato come i pattern di modificazione individuati possono essere usati per identificare un tessuto o un tipo cellulare, come una sorta di impronta digitale epitrascrittomica a rRNA (epitranscriptomic rRNA fingerprinting). Sono stati esplorati poi i diversi pattern di modificazione tra tessuto normale e tumorale nei polmoni ed è emerso come questi pattern permettono di aiutare la classificazione accurata in uno dei due gruppi a partire da sole 250 sequenze (numero di trascritti sequenziati), dimostrando così il grande potenziale delle modificazioni dell’rRNA come biomarker diagnostico.