Analisi dei meccanismi di interazione tra la proteina Timidilato Sintasi e il suo mRNA mediante pinzette ottiche

L’interazione tra la proteina umana Timidilato Sintasi (hTS) e il suo RNA messaggero (TSmRNA) svolge un ruolo fondamentale nella regolazione dell’espressione genica e nello sviluppo di fenomeni di chemioresistenza. In questo lavoro di tesi, TSmRNA, sia libero che legato a hTS, è stato studiato tramite misure di spettroscopia di forza condotte con uno strumento di pinzette ottiche. L’analisi dei dati sperimentali, basata sui modelli Worm-like Chain e di Bell-Evans, ha mostrato che anche in condizioni fuori dall’equilibrio TSmRNA presenta uno stabile riarrangiamento a forma di hairpin che coinvolge 23 nucleotidi. In presenza della proteina, TSmRNA presenta la stessa struttura, ma circa l’1% dei dati sperimentali mostra la presenza di uno stato intermedio, che è più frequente nei processi di apertura della molecola. In presenza dello stato intermedio si osserva l’apertura e chiusura di un numero maggiore di nucleotidi rispetto a quelli osservati negli altri casi, suggerendo una maggiore stabilizzazione della parte apicale dell’hairpin e un riarrangiamento lievemente diverso dei nucleotidi che lo precedono.