Analisi del profilo della modifica cromatinica H3K4me3 in foglie di girasole soggette a stress da siccità

L’elaborato analizza la distribuzione della modifica istonica H3K4me3 nel genoma di girasole ed in particolare in linee inbred della specie coltivata Helianthus annuus. Nei genomi vegetali questa modifica istonica è un marcatore epigenetico associato all’attivazione dell’espressione genica. H3K4me3 è stata ben caratterizzata mediante studi sulla specie modello Arabidopsis thaliana (funzione, ruolo, meccanismi molecolari) mentre vi sono ad oggi pochissime pubblicazioni significative riguardanti i meccanismi epigenetici di controllo della trascrizione in H. annuus. Per analizzare la distribuzione di H3K4me3 è stato messo a punto un protocollo di estrazione ed immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) da foglie di girasole che ha richiesto esperimenti di validazione; tali esperimenti sono l’oggetto di questo lavoro di tesi. A questo scopo sono stati fatti dei test di validazione del protocollo su foglie a seguito di trattamenti di stress idrico in linee inbred, per verificare la dinamica e l’arricchimento di H3K4me3 dopo l’applicazione dello stress idrico e il recovery delle piante; la dinamica e l’arricchimento della modifica sono stati valutati mediante RT-qPCR (qChIP) e sequenziamento (ChIP-seq). L’obiettivo del lavoro è di confermare l’adeguatezza del protocollo di estrazione e immunoprecipitazione della cromatina in foglie di girasole.