Batteri e potenziale metabolico nelle grotte carsiche determinati tramite coltivazione batterica intensiva e assemblaggio di genomi

Le grotte carsiche sono ambienti oligotrofici, caratterizzati da temperatura ed elevata umidità costanti durante l’anno e dalla totale assenza di luce solare. I batteri presenti nelle grotte carsiche rappresentano un punto cruciale nell’analisi dei cicli biogeochimici di questi ambienti. Nell’articolo esaminato sono stati coltivati e isolati 3’562 ceppi batterici, raccolti in due grotte nella provincia cinese di Guizhou, appartenenti a 329 specie, di cui 14 descritte per la prima volta in questo articolo, che comprendono azotofissatori e alcano-ossidanti. L’analisi ha mostrato che il phylum più rappresentato è quello dei Proteobacteria, che racchiude batteri Gram-negativi con svariati metabolismi differenti: chemiolitoautotrofi, azotofissatori, fotoautotrofi e solfuro-ossidanti. Un altro phylum significativo è quello degli Actinobacteria, che comprende batteri Gram-positivi alcuni dei quali capaci di fissare l’azoto. Le analisi genomiche svolte sono state usate,insieme a dati metagenomici di studi precedenti, per indagare i metabolismi coinvolti, in particolare, nei cicli biogeochimici di carbonio, azoto e zolfo negli ecosistemi ipogei. La maggior parte dei batteri che vivono in grotta contengono i geni per la sintesi e degradazione di alcuni composti aromatici coinvolti nel pathway del β-ketoadipato, in dettaglio si è indagata la presenza di cluster genici e la funzionalità dell’enzima 3-oxoadipato-CoA transferasi in alcuni ceppi batterici.