Dinamica evolutiva di strutture proteiche in modelli su reticolo

In questo progetto di tesi si intende simulare l'evoluzione di sequenze e strutture di proteine per mezzo di una dinamica Montecarlo, guidata da mutazioni casuali, nello spazio delle sequenze proteiche. Per rappresentare l'universo delle possibili strutture proteiche, verranno utilizzate 10000 strutture massimamente compatte su reticolo cubico, accessibili a cammini auto-evitantesi costituiti da 27 monomeri. Tale approccio continua ad essere usato in letteratura nonostante la sua semplicità, poiché la conseguente efficienza computazionale e la possibilità di utilizzare soluzioni esatte permettono di verificare compiutamente l'esito di diversi scenari evolutivi. Si dedicherà particolare attenzione all'analisi degli eventi di "scoperta" di nuove strutture proteiche nel corso della dinamica evolutiva, investigando la possibilità che alcune strutture siano più facilmente "scopribili" di altre nel corso dell'evoluzione.