Comparison of single cell RNA sequencing data integration methods with application to breast cancer data

I used the Seurat toolkit to analyse and process scRNA-seq breast cancer datasets according to standards, and integrated the data through a variety of different data integration techniques. I developed the code for an objective evaluation metrics panel to compare the effectiveness of the integration techniques, and incorporated it into a single, comprehensive function. I performed a full quantitative and qualitative benchmarking of the data integration techniques, evaluating their ability in removing batch effects and preserving biological information.

Ho utilizzato il toolkit Seurat per analizzare ed elaborare dataset scRNA-seq sul cancro al seno secondo gli standard e ho integrato i dati attraverso una varietà di tecniche diverse di data integration. Ho sviluppato il codice per un pannello di metriche in grado di confrontare oggettivamente l'efficacia di tali tecniche e l'ho incorporato in un'unica funzione completa. Ho eseguito un benchmarking quantitativo e qualitativo completo, analizzando la capacità delle tecniche di integrazione dei dati di eliminare bias tecnici e di preservare l'informazione biologica.