Studio del profilo di espressione di trascritti immuno-relati in una coorte caucasica di adenocarcinomi gastrici EBV-associati

Introduzione: Il carcinoma gastrico (GC) rappresenta una delle neoplasie solide più frequenti nei paesi sviluppati, nonché una delle principali cause di morte. In accordo con la classificazione molecolare eseguita da The Cancer Genome Atlas (TCGA), si possono distinguere quattro diversi sottotipi molecolari di carcinoma gastrico: Epstein-Barr virus (EBV) associati (EBVaGC), carcinomi con instabilità dei microsatelliti (MSI), carcinomi gastrici stabili dal punto di vista genomico (GS) e carcinomi gastrici con instabilità cromosomica (CIN). Questi quattro sottotipi non differiscono solo per le caratteristiche genetiche, trascrittomiche ed epigenetiche, ma anche per la prognosi. EBVaGC è un sottotipo relativamente raro (circa il 10% di tutti i casi di carcinoma gastrico) che colpisce soprattutto i maschi. È caratterizzato dalla simultanea presenza di un'infezione da EBV, spesso latente. EBVaGC ha una prognosi relativamente favorevole ed è associato ad un elevato infiltrato immunitario, che potrebbe avere importanti implicazioni dal punto di vista terapeutico, visto il successo dei farmaci immunoterapici in diverse neoplasie solide. Scopo: Il lavoro proposto nella presente tesi è parte di un progetto più ampio che si pone come obiettivo la caratterizzazione genomica, trascrittomica e immuno-fenotipica dei carcinomi gastrici EBV-relati, in una coorte completamente caucasica. Nello specifico, lo studio presentato si propone di analizzare il profilo trascrittomico allo scopo di poterne descrivere uno specifico associato a questo sottotipo di carcinoma gastrico; permettendo quindi di indentificare possibili bersagli per lo sviluppo di nuove strategie terapeutiche, nell’innovativo contesto dello sviluppo di farmaci a RNA. Materiali e metodi: Grazie alla collaborazione con diversi centri italiani, sono stati raccolti 41 casi di carcinoma gastrico EBV-relato. I campioni sono stati esaminati da esperti anatomopatologi per valutarne le caratteristiche isto-patologiche e l’idoneità alla profilazione molecolare. I campioni sono stati quindi analizzati utilizzando un saggio di comprehensive genomic profiling: AmoyDX Master Panel, che consente di valutare sia le alterazioni genetiche a carico di 571 geni, coinvolti nei processi neoplastici, sia l’espressione di 2396 trascritti. Si tratta prevalentemente di trascritti che codificano per oncogeni e oncosoppressori, proteine virali e proteine coinvolte nella risposta immune. Risultati: La revisione istologica dei casi selezionati ha consentito di identificare all’interno della coorte tre diversi istotipi: stroma linfoide, intestinale e misto. L’analisi trascrittomica si è concentrata su i due istotipi maggiormente rappresentati: stroma linfoide e intestinale, ai quali si associa un diverso profilo trascrittomico. Il sottotipo istologico stroma linfoide è caratterizzato da maggiore espressione dei trascritti che codificano per proteine EBV di latenza LMP2A e EBNA1, ridotta espressione dei geni ERBB2 e RAD51C e maggiore espressione di proteine che regolano la risposta immune (PD-1, CD28 e CD96). Al contrario, l’istotipo intestinale è caratterizzato da maggiore espressione del trascritto che codifica per la proteina HER-2, aumentata espressione di oncogeni, tra cui RET, MYCN e CCND1 e maggiore espressione di citochine pro-infiammatorie quali IL-1β e IL-8. Conclusioni: La valutazione del profilo trascrittomico in diversi sottotipi istologici di carcinoma gastrico EBV-relato può essere estremamente utile al fine di caratterizzare le differenze fenotipiche all’interno del macrogruppo di EBVaGC, indentificando possibili marcatori di previsione della risposta terapeutica. Tali trascritti possono essere inoltre considerati possibili bersagli molecolari per il futuro sviluppo di molecole in grado di agire sull’RNA, quali ad esempio siRNA, oligonucleotidi antisenso e acidi peptido-nucleici.